ゴールドスタンダードとされるFUTという植毛法はヘアのはえた状態に株分けをして最小サイズのスリットで植え付け、間近からよくみてもそれが植え付けたヘアかもともとのヘアか区別がつかないと考えていただいて結構です。
以前の植毛つまりマイクロ、ミニ植毛までは株自体が大きかったり、それをうえつけるスリットのサイズが株と比べて相対的に大きかったりして、移植毛の根本がへこんでみえたりしたことがありました。
文面から想像するに、“ボコボコになる”のは自毛植毛ではなく人工毛植毛の結果のイメージなのかもしれません。
その場合100％そのような状態になると思いますし、以前の植毛というと多くの方々は人工毛植毛を連想したものでした。

最新の技術で植毛が行われていれば理髪店や美容室に行っても気づかれません。 不自然にみえるとしたら次の2つのケースが考えられます。
・ヘアラインの不適切なデザイン、つまり直線すぎるなどマクロな不自然さ。
・株のサイズが大きすぎることによるミクロな不自然さ。
あなたが見た不自然さはそのいずれかか両方のためだと思います。